Inoltre, grazie alla sua posizione geografica, ben presto L’Aquila divenne un punto di snodo fondamentale per il traffico con le altre città grazie alla cosiddetta "Via degli Abruzzi", che univa Firenze a Napoli passando per Perugia, Rieti, Sulmona, Isernia, Venafro, Teano e Capua.
Nel Duecento, L’Aquila si inserì negli interessi della curia papale e del Re d'Inghilterra. Per arginare tali mire politiche, Re Manfredi, nel luglio 1259, fece radere al suolo la città, dopo che, tre anni prima, Papa Alessandro IV, per premiare gli aquilani di aver manifestato la loro avversione nei riguardi proprio di Re Manfredi, aveva elevato la chiesa dei Santi Massimo e Giorgio a chiesa cattedrale.
La più imponente chiesa romanica dell’Aquila, S. Maria di Collemaggio, caratterizzata da una facciata rivestita a fasce di masselli bianchi e rossi alternati e da tre grandi rosoni, risale al 1287 e fu fatta costruire dall’eremita Pietro del Morrone, che nel 1294 vi fu consacrato pontefice con il nome Celestino V. Nell’agosto di quell’anno, egli emanò una Bolla con la quale concedeva un'indulgenza plenaria e universale a tutta l'umanità. Questo documento, che anticipò di sei anni l'introduzione dell'Anno Santo voluto nel 1300 da Papa Bonifacio VIII, può essere quindi considerato il primo Giubileo della storia. La Bolla del perdono di San Pietro Celestino, oggi nota come la Bolla della Perdonanza, poneva come condizioni per l'ottenimento del perdono: l'ingresso nella Basilica nell'arco di tempo compreso tra le sere del 28 e del 29 agosto di ogni anno e l'essere "veramente pentiti e confessati". La porta di Celestino V, situata sul lato settentrionale della Basilica di S. Maria di Collemaggio è dunque a tutti gli effetti una Porta Santa.
Le “vicende celestiniane” dettero grande impulso alla sviluppo edilizio della città e i privilegi concessi dal Re Roberto d’Angiò, come l’esenzione da dazi su importazioni ed esportazioni nel settore della pastorizia, contribuirono all’aumento dei commerci.
Durante il Trecento, la struttura urbanistica della città subì diverse trasformazioni, dovute a pestilenze (1348, 1363) e terremoti (1349) che obbligarono a costruire nuovi edifici. La città dell’Aquila in questi anni acquisì importanza e i generali dell’Ordine Francescano la scelsero più volte come sede per i capitoli generali. Grazie a loro, furono realizzati numerosi interventi nella zona poco urbanizzata di nord-est, per costruire un complesso edilizio incentrato sull'ospedale di S. Salvatore (1446) e sulla Basilica e convento di S. Bernardino.
Una nuova scossa sismica nel 1461 arrecò gravi danni alla città: trascorsero due anni prima che iniziasse l'attività di riparazione delle chiese e dei conventi. Tuttavia, la seconda metà del Quattrocento fu particolarmente fiorente dal punto di vista economico e commerciale per la città, con la presenza di mercanti di varie nazionalità e di fattori delle compagnie fiorentine dei Bardi, degli Ardinghelli, degli Strozzi, dei Medici, dei Gondi, dei Pianelli di Venezia, dei Papone di Pisa, degli Spannocchi di Napoli.
Agli inizi del Cinquecento, la città vide una forte crisi produttiva e demografica, causata dalle epidemie del 1503 e 1505 e acuita dal difficile periodo della dominazione spagnola. È in questo periodo che iniziò la costruzione della fortezza della città, che si protrasse per oltre un secolo, comportando l'abbattimento di molti edifici e chiese. Dopo i restauri del secondo dopoguerra, la fortezza si presenta oggi a pianta quadrata, con quattro bastioni angolari e circondata da un profondo fossato. Al suo interno ospita attualmente il Museo Nazionale d'Abruzzo, con una pregevole collezione artistica dei documenti pittorici e scultorei della regione tra Medioevo e Rinascimento.
Negli anni Settanta del XVI secolo fu realizzata la ricostruzione e l'ampliamento dell'Antico Palazzo del Capitano (oggi sede del Comune) per ospitare Margherita d'Austria, governatrice perpetua della città, ritiratasi nei feudi abruzzesi. L’assetto urbano subì una ulteriore trasformazione negli ultimi anni del Cinquecento e nel corso del Seicento. Nel 1657, in particolare, la città venne colpita dalla peste e con il terremoto del 2 febbraio 1703, gran parte dell'antico volto medievale e rinascimentale fu distrutto: le case, le chiese, i palazzi e la fortezza riportarono gravissimi danni.
Lentamente, L’Aquila si riprese dal sisma, gli spazi urbani furono modificati e gli interventi riguardarono quasi tutte le chiese della città, riedificate con un nuovo volto barocco. Il clero e i nobili, contribuirono alla ricostruzione: i primi con un’opera di recupero degli edifici più colpiti della città medievale, i secondi con la costruzione di nuove strutture come i palazzi Quinzi, Antonelli e Centi. I restauri, soprattutto degli anni Sessanta e Settanta del Novecento, hanno in molti casi riportato gli edifici al loro aspetto romanico, tuttavia conservano la loro veste settecentesca le chiese di S. Maria Paganica e di S. Domenico, attualmente adibita ad auditorium.
Nel 1799 L'Aquila subì l'invasione francese e nel secolo successivo i patrioti aquilani parteciparono ai moti rivoluzionari del 1833, del 1841, del 1848. Con l’Unità d'Italia, L'Aquila perse la sua caratteristica di città di confine, ma non venne avvantaggiata dalla sua centralità geografica poiché rimase fuori dalla linea ferroviaria, con evidenti effetti economici negativi. Entrando a far parte del nuovo Stato unitario, si sentì l'esigenza di apportare delle trasformazioni tendenti all'adeguamento della città alle nuove esigenze amministrative infrastrutturali ed economiche.
Gli interventi, che subirono una forte accelerazione nel nostro secolo, alterarono in modo irreversibile la città antica poiché si andarono a edificare anche le aree libere all'interno della cinta muraria, che fin dall'epoca della fondazione non erano state urbanizzate.
Il terremoto
Il 6 aprile 2009 alle ore 3:32, un terremoto ha devastato la città dell’Aquila, causando gravissimi danni all’assetto urbano e al suo circondario, con un bilancio di 309 vittime, circa 1500 feriti e più di 60 mila sfollati, collocati presso tendopoli, case private e alberghi della costa adriatica per gestire l’emergenza. Successivamente, rioccupate le case considerate agibili perché danneggiate in modo lieve, le persone rimaste sfollate sono state collocate presso le abitazioni del progetto C.a.s.e. e nei Moduli Abitativi Provvisori (Map) nella provincia dell’Aquila.
Il terremoto ha colpito il capoluogo abruzzese proprio nel cuore della città, il suo centro storico ma sono ben 60 le frazioni e 56 i Comuni del cratere ad aver subito ingenti danni . A sette anni dal terremoto, l’opera di ricostruzione, che ha subìto diversi rallentamenti nel corso del tempo, comincia a prendere ritmi più sostenuti, facendo dell’Aquila quello che è stato definito “Il più grande cantiere d’Europa”.
Il patrimonio privato di pregio artistico conta 700 edifici vincolati, di cui 300 nel centro storico del capoluogo, 176 nelle frazioni e 200 nei Comuni del cratere, mentre i beni pubblici sottoposti a vincolo di tutela sono circa 1400. I lavori sui beni culturali pubblici sono seguiti dalla Direzione/Segretariato regionale, mentre gli interventi sul patrimonio privato sottoposto a vincolo di tutela sono affidati alla Soprintendenza. Entrambe le strutture collaborano con i Comuni e con gli Uffici Speciali per la Ricostruzione. La ricostruzione si presenta ad uno stadio più avanzato nelle periferie rispetto al centro storico della città, mentre i lavori pubblici sembrano procedere a ritmi più lenti rispetto a quelli privati . Oltre alla ricostruzione, la sfida sarà anche nella necessità di restituire alla città dell’Aquila, e in particolare al suo centro storico, quei luoghi di aggregazione e di socialità andati dispersi dopo il vuoto lasciato dal sisma.