L'Università degli Studi dell'Aquila comprende 7 Dipartimenti nati dalla fusione dei preesistenti 18 Dipartimenti con le 9 ex Facoltà dell’Ateneo. Sono inoltre presenti 2 Centri di Eccellenza:
CETEMPS - Centro di Eccellenza Tecniche di TElerilevamento e Modellistica Numerica per la Previsione di Eventi Meteo Severi - e
DEWS - Design Methodologies for Embedded controllers, Wireless interconnect and System-on-chip - Nell’Ateneo opera anche il M&MOCS - Centro internazionale di ricerca per la matematica & meccanica dei sistemi complessi che nel 2015 è entrato nella rete dei “Laboratori Internazionali Associati” del CNRS francese.